В случае не согласия с результатами инспекции, заявитель имеет право подать апелляцию (жалобу) в ОИ. Апеллянт представляет в ОИ официальную жалобу на имя руководителя ОИ с изложением сущности конфликта. Жалоба регистрируется в журнале.

Руководитель ОИ назначает председателя апелляционной комиссии. Председатель апелляционной комиссии должен быть лицом независимым от инспекции подлежащей рассмотрению. Он может быть штатным сотрудником ОИ, но может и не являться таковым. В течении 3-х дней председатель определяет состав апелляционной комиссии в составе не менее 4-х человек. Ни один человек комиссии не должен быть связан с конфликтующими сторонами. В состав комиссии могут включаться представители заинтересованных сторон (контролирующие органы, заявители, работники ОИ, потребители объектов инспекции). Состав апелляционной комиссии согласовывается с участвующими сторонами.

Ответственный за связь ОИ с апеллянтом выполняет обязанности секретаря апелляционной комиссии без права голоса. В его обязанности входит прием апелляций и их подготовка к рассмотрению.
В порядке подготовки к работе апелляционной комиссии секретарь запрашивает апеллянта о предоставлении в течении двух недель информации, необходимой для рассмотрения апелляции, а также запрашивает другую конфликтующую сторону о предоставлении в тот же срок информации, которая подтверждает или объясняет ситуацию. Документ, содержащий жалобы, вместе с поступающей дополнительной информацией, рассылается секретарем членам апелляционной комиссии.
Апелляционная комиссия может рассматривать вопрос на заседаниях или путем переписки с соблюдением условий конфиденциальности.
Заинтересованные стороны должны быть заблаговременно (за 5 дней) уведомлены о рассмотрении апелляции и предполагаемой повестке дня.

В задачи комиссии входит изучение сущности жалобы и принятие решения. С этой целью комиссия должна изучить представленные материалы и опросить непосредственно ту и другую стороны и экспертов, если комиссия или одна из сторон считает это необходимым.
Представители конфликтующих сторон имеют право присутствовать на заседании в качестве наблюдателей.
Апелляционная комиссия должна объективно подходить к рассмотрению вопроса и принимать решение простым большинством голосов. Председатель обычно не должен голосовать, но если голоса распределились поровну, он должен принять решение. При голосовании по переписке решение считается принятым, если оно одобрено простым большинством членов комиссии. Члены комиссии должны в обязательном порядке сообщить свое мнение в пятнадцатидневный срок. Если голоса разделились поровну, решение принимает председатель.
Решение апелляционной комиссии должно быть вынесено не позже, чем через месяц после её назначения.
Протокол рассмотрения апелляции передается Руководителю ОИ для рассмотрения и утверждения.
Если в течении двух недель не поступает возражений, решение считается принятым.
Если одна из конфликтующих сторон не согласна с решением апелляционной комиссии ОИ, она имеет право в течение 15 дней обратиться в Россаккредитацию.

Каждая сторона несет свои собственные расходы. В случае привлечения экспертов, оплата их услуг возмещается проигравшей стороной.